В южных областях Германии вели свою пропаганду ученики Цвингли. Однако их позиции были более умеренными. Они не шли дальше ограничения княжеского деспотизма и смягчения феодальной зависимости. Из числа этих реформаторов наибольшей популярностью пользовался Балтазар Губмайер. В начале марта 1525 г. крестьянские отряды, находившиеся в укрепленном лагере Верхней Швабии, образовали «Христианское объединение». 15-17 марта здесь были составлены знаменитые «12 статей». По характеру требований они были гораздо более ограниченными, чем мюнцеровское «Статейное письмо», так как главную роль в их разработке играли умеренные руководители крестьян — выходцы из зажиточной верхушки. Тем не менее выполнение этих требований означало бы несомненное укрепление крестьянского хозяйства, способствовало бы разрушению феодальных устоев в деревне и создало бы угрозу феодальному строю в целом. Об этом свидетельствовала практика применения «12 статей»: в конце марта 1525 г. в Верхней Швабии восставшие крестьяне захватили ряд замков и монастырей и начали требовать раздела монастырского имущества. Лишь предательство некоторых крестьянских руководителей и вероломство командира войск Швабского союза Георга Трухзеса (фон Вальдбург, имел наследственный титул (с XIII в. ) трухзеса, стольника (шенк — кравчий, каммерер — казначей) позволило превосходящим военным силам феодалов разгромить в конце апреля 1525 г. швабских крестьян. Подавлять крестьянское движение сюда также были направлены военные силы Швабского союза под командованием Георга фон Вальдбурга. В первые же дни апреля он перешел в наступление и начал поодиночке рассеивать крестьянские отряды. Некоторые из них оказали войскам союза серьезное сопротивление. В горных районах, недоступных для рыцарской конницы, наемники Вальдбурга оказались в трудном положении. У городка Вейнгаартен, севернее Боденского озера, трухзес Георг, зажатый крестьянскими отрядами, почувствовал близость военной катастрофы. Спасло его лишь то, что ему удалось дезориентировать крестьян переговорами с отдельными вожаками отрядов и, действуя шантажом и предательством, внести раскол в ряды восставших. К концу апреля 1525 г. основные силы верхнешвабских крестьян были разбиты, после чего фон Вальдбург смог направить свои войска на север, во Франконию и Среднюю Германию.
Франкония. Три местности играли наиболее важную роль в событиях 1525 г.: 1. долина р. Таубер, откуда вышел Таубергский отряд, позже стал называться Франконский; 2. долина Среднего Неккара и Оденвальд, где формировался «Светлый отряд»; 3. Северная Франкония — где было несколько мелких отрядов под главенством Бильдгаузенского отряда. Отдельные очаги восстания были в епископстве Бамберг, княжестве Ансбах, епископстве Эйхштадском и др. Восстание началось стихийно 22.03.1525 г. в деревне, принадлежавшей г. Роттенбургу на Таубере против налогового и феодального гнета. Затем последовал ряд восстаний в соседних городах и местечках, в апреле восстанием была охвачена Юго-Западная Франкония.
В долине р. Неккар действовал отряд под предводительством Якова Рорбаха, крестьянина из Неккарской долины. По его приговору сквозь пики были прогнаны габсбургский фогт граф Людвиг фон Гельфенштейн (зять Мах) и 24 его сторонники (казнь при Вейнсберге). После этого крестьянам сдался г. Гейльбронн.
Одновременно в марте-апреле 1525 г. в округе г. Роттенбурга на Таубере действовал отряд крестьян «Черный отряд», во главе с Флорианом Гейером (рыцарь). Умеренные элементы бюргерства, объединившись здесь с остатками разбитого рыцарства, пытались оживить движение за старые бюргерские проекты имперской реформы и использовать движение крестьян, подчинив его своим целям. Они добились руководящей роли в объединенном «Светлом отряде», куда вошел и Гейер с «Черным отрядом». Начальником полевой канцелярии «Светлого отряда» стал Вендель Гиплер, умеренный бюргерский оппозиционер. Цель которого — предотвратить нападения на замки и монастыри. Гиплер пригласил командующего крестьянскими силами Франконии рыцаря Геца фон Берлихингена, который выдвинул свои условия — отказ от вражеских действий против замков.
Гиплер и его сторонники подготовили свой проект преобразований в Германии, который они хотели представить крестьянам на съезде в Гейльбронне. Съезд так и не состоялся, остался проект, известный как «Гейльброннская программа» — программа радикальной бюргерской оппозиции. Название условно — возникло из предположения историков первой половины XIX в. — Эксле, Бензена, В. Циммермана, что этот документ был обсужден и принят на съезде в Гейльбронне в 1525 г., хотя это предположение не подтверждено, но название вошло в обиход. Согласно этому проекту все власти должны быть подчинены императору, а князья превращены в должностных лиц империи. 5 пункт предполагал, что духовенство должно быть полностью лишено власти в светских делах. Предусматривалось общеимперское законодательство, единство монеты, веса, мер и отмена всех внутренних таможенных пошлин, допускалась возможность выкупа крестьянами феодальных повинностей путем единовременной уплаты ежегодного взноса в 20-кратном размере, сохранялся сословный строй, конфисковались церковные имения.
Трухзес Георг фон Вальдбург во главе Швабского союза прибыл во Франконию. когда Гиплер готовился созвать съезд крестьянских депутатов для обсуждения программы. 12.05.1525 г. войска Швабского союза атаковали крестьянские соединения Швабии и Южной Франконии в районе между р. Неккар и г. Беблингеном. Крестьяне были разбиты, Яков Рорбах схвачен, пытан и сожжен на медленном огне. Дольше всех сопротивлялся «Черный отряд» Гейера, который погиб в бою 9.06.1525 г. у Халля и Гайльдорфа. Магистраты Вюрцбурга и других городов открывали ворота городов Швабскому союзу.
Одновременно с этими событиями крестьянское и плебейское движение развернулось в Средней Германии — Саксоно-Тюрингенском районе. В Тюрингии центром стал г. Мюльхаузен, где с февраля 1525 г. находился Т. Мюнцер, в городе был образован «Вечный совет». Мюнцер мечтал объединить движение в Германии и в Чехии, где были сильны идеи таборитов. Лагерь сторонников Мюнцера находился у Франкенхаузена в Тюрингии. Но намерениям Мюнцера не суждено было сбыться, войско ландграфа Филиппа штурмом взяло лагерь Мюнцера под Франкенхаузеном. Сам Мюнцер был подвергнут пытке, но своих сторонников не выдал, а потом казнен. Многие тысячи крестьян и горожан были убиты.
В славянских землях — Штирии, Каринтии, Крайне, в горном Тироле выступления крестьян продолжались в течение 1525 г. и даже в 1526 г. В Тироле предводителем крестьян был Михаэль Гайсмайер. В начале 1526 г. Гайсмайер составил для Тироля «Земское устройство» — программу коренных политических преобразований, цель которых — установление в Тироле народной республики на демократической основе. В документе содержались антифеодальные требования, демократизации суда, призрения бедных за счет десятины, роспуск монастырей, превращений их зданий в госпитали, приюты для детей, запрещение крупных купеческих компаний, активизация гос. деятельности по организации горного дела, подъему с/х, строительству дорог, мостов. Государство должно было регулировать использование полей, лугов, недр земли. В конце 1525 г. Гайсмайеру удалось сформировать отряды из крестьян и горняков Тироля и Зальцбурга, к которым примкнули участники Крестьянской войны, нашедшие убежище в горных областях Тироля. Гайсмайер провел ряд успешных военных операций против австрийского эрцгерцога, баварцев, Швабского союза. Окруженный врагами, Гайсмайер сумел выйти из окружения, перешел австрийские Альпы в Венецию, и начал реорганизацию своих войск. Хотел договориться с венецианцами и швейцарцами о совместной борьбе с Габсбургами, но во время этих переговоров погиб от подосланного австрийцами убийцы.
После поражение Крестьянской войны по всей Юго-Западной Германии и Австрии стали свирепствовать карательные отряды. Особенной жестокостью отличались войска епископа Зальцбургского, Швабского союза. Повсюду участвовавшие в восстании крестьяне подвергались штрафу в размере о 6 до 10 гульденов с каждого очага, а там, где оказывались разрушенными замки и монастыри, с них взималась еще и контрибуция. В большей части деревень прекратился созыв общинных собраний и обсуждение на них записей обычного права: вместо принятых при участии крестьян общинных уставов вводились господские установления. Опасаясь, новых восстаний феодалы Шварцвальда, например, потребовали, чтобы крестьяне уничтожили церковные колокольни, снесли башни и заборы вокруг деревень. Настоящим бичом для крестьян стало право княжеской охоты. Все же крестьяне далеко не везде отказались от борьбы. Об этом свидетельствуют непрекращавшиеся выступления крестьян Австрии, взрыв социального протеста в Мюнстере и его окрестностях в 1533-1535 гг., народные движение XVI в. в Тюрингии, действия немецких анабаптистов.
Своеобразным результатом Крестьянской войны и других крестьянских движений XVI в. явилось участие крестьян в ландтагах территориальных княжеств. Они функционировали с конца XV — начала XVI вв. до конца XVII в. и даже до XIX в. Ареал распространения ландштандов совпадает с той территорией, где были особенно сильны традиции созыва общинных собраний и составления марковых уставов. Значение ландштандов состояло в том, что они давали крестьянам дополнительную возможность оказывать сопротивление усилению феодального гнета.